شاید شنیده باشید که در تحقیقات پایانی سطح دو، صرف جمع‌آوری مطالب در متن تحقیق کفایت می‌کند.
این دستورالعمل بدین جهت صادر شده است که معاونت پژوهش حوزه خواسته تا طلاب با جمع‌آوری مطالب آشنا شوند و یک دوره جمع‌آوری مطالب را کارورزی کنند تا در سطوح بالاتر دغدغه شیوه جمع کردن مطلب برای متن تحقیق را نداشته باشند.
اما متأسفانه دیده می‌شود که طلاب با این روش خو می‌گیرند. در نتیجه، متن مقالات در سطح سه و حتی در سطح چهار هم به همان شیوه تحقیق پایانی سطح دو نوشته می‌شود.
در صورتی که تحت هیچ شرایطی، یک مقاله به شکل جمع‌آوری صرف، که هیچ پردازشی در آن نباشد در مقالات و پایان‌نامه‌های سطح سه و چهار پذیرفته نیست.
برای حل این مشکل، و برای اینکه طلاب سطح دو، در کنار جمع‌آوری مطالب، به گونه‌ای با پردازش محتوا نیز آشنا شوند، و البته در دستورالعمل معاونت پژوهش حوزه نیز تغییری ایجاد نشود، توصیه می‌شود که طلاب، در تحقیقات پایانی سطح دو، به همان شکل مرسوم عمل کنند؛ اما در کنار آن به این پیشنهادات نیز عمل کنند:
۱٫ برای هر تیتری که در متن تحقیق پایانی (به ویژه در فصل دوم به بعد) می‌آید یک مقدمه بنویسند و در این مقدمه، به صورت خیلی مختصر تیتر و عنوان خود را با زبان خود توضیح دهند.
۲٫ در پایان هر مطلب و قبل از عنوان بعدی، برای مبحثی که مطالب آن را از کتاب‌ها و مقالات مختلف جمع کرده‌اند، به زبان خود یک نتیجه کوتاه بنویسند.
۳٫ بعد از هر آیه یا روایتی که ذکر می‌کنند، تشریح نمایند که این آیه یا روایت چگونه بر مدعای ایشان دلالت دارد.